南太平洋を探索したイギリス海軍のジェームズ・クックは、1773年にマヌアエ島に上陸し「ハーヴェイ島」と名付けた。その後、周辺の島々はハーヴェイ諸島と呼ばれるようになったが、後にロシアの海図において「クック諸島」と記載され定着した。ジェームズ・クック来航以前にも1595年にスペイン人、1606年にポルトガル人が来航している。

　1858年にラロトンガ島を中心とするラロトンガ王国が建国され、1893年からはイギリス保護領「クック諸島連邦」として正式名称となる。1901年にはニュージーランド領に編入され、現在のクック諸島の領域が確定した。